Comment utiliser Python sur les clusters de calcul ?

Posted on Tue 30 June 2020 in tutoriels • 1 min read

Comment utiliser Python sur les clusters de calcul ?

Via Guix

Rendre guix disponible

$ source /applis/site/guix-start.sh

puis pour se faire une idée de ce qui existe

$ guix search .*python*.

ou en consultant directement la liste des paquets disponibles via guix

Ensuite, il suffit d’installer ce dont vous avez besoin :

$ guix install  python@3 python-numpy 

# Verifications ...
$ guix package -I 
python  3.8.2   out /gnu/store/6sr11m4i1d3vbqlmbpzmfj1lihbc5iz4-python-3.8.2
python-numpy    1.17.3  out /gnu/store/ayd9ham78vm802pb1ja4j92rri82pl61-python-numpy-1.17.3

$ which python3
/home/perignon/.guix-profile/bin/python3

$ python3
Python 3.8.2 (default, Jan  1 1970, 00:00:01)
[GCC 7.5.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import numpy
>>> print(numpy.__file__)
/home/perignon/.guix-profile/lib/python3.8/site-packages/numpy/__init__.py

Via nix

Bonus

Quelle que soit la méthode choisie pour installer Python, l’installation standard (pip) de package reste disponible (à n’utiliser qu’en dernier recours ! )

Par exemple :

pip3 install matplotlib --user

tutoriel